Uma freguesia é governada por uma Junta de Freguesia, um órgão executivo que é eleito pelos membros da respectiva Assembleia de Freguesia, à excepção do presidente (o primeiro candidato da lista mais votada é automaticamente nomeado Presidente da Junta de Freguesia). A Assembleia de Freguesia é um órgão eleito directamente pelos cidadãos recenseados no território da freguesia, segundo o método de Hondt, através de listas que tradicionalmente são partidárias mas que se abriram há poucos anos a listas de independentes. A Constituição prevê que, nas freguesias de população diminuta, a Assembleia de Freguesia seja substituída pelo plenário dos seus cidadãos eleitores.

Em Portugal, desde 2013, existem 3091 freguesias, com territórios que vão dos 20 hectares ou 0,2 km² (freguesia de São Bartolomeu no concelho de Borba) aos 888 km² (união das freguesias de Alcácer do Sal (Santa Maria do Castelo e Santiago) e Santa Susana, no concelho de Alcácer do Sal), e populações que vão das dezenas (situação que apenas ainda ocorre nas Regiões Autónomas) às dezenas de milhares de habitantes. É aos municípios que cabe propor a criação de novas freguesias no seu território, que devem obedecer a um conjunto de critérios fixados em lei. Se descontarmos o caso especial do Corvo (Açores) (que por lei não tem qualquer freguesia), o mínimo de freguesias por concelho é de uma (seis concelhos: Alpiarça, Barrancos, Castanheira de Pera, Porto Santo, São Brás de Alportel e São João da Madeira) e o máximo é de 61 (Barcelos).