De 1903 a 1977, o território foi controlado pelos Estados Unidos, que construiu e financiou a construção do canal. De 1977 a 1999, o canal esteve sob jurisdição conjunta dos EUA e do Panamá. Em 1977, os Tratados Torrijos-Carter estabeleceram a neutralidade do canal e a cessão do controle de toda a zona ao Panamá.

Durante o controle da zona do canal pelos Estados Unidos, o território, com exceção do canal propriamente dito, era usado principalmente a fins militares; no entanto, aproximadamente 3000 civis estadunidenses (chamados "zonians") lá habitavam como residentes permanentes. O uso militar da zona pelos EUA acabou quando esta retornou ao controle panamenho. Ela é agora uma destinação turística, especialmente para navios de cruzeiros.