Ele escreveu diversos livros, mas a Inquisição condenou a muitos deles porque o autor demonstrou simpatia pelas teorias calvinistas. Estes calvinistas, chamados Huguenotes na França, eram processados pela Igreja católica assim como outros grupos protestantes ou reformadores cristãos o eram em outros países católicos.

Seus livros dividiram opiniões: alguns escritores franceses os admiravam, enquanto Francis Hutchinson foi seu detrator, criticando sua metodologia. As obras escritas por Bodin faziam diversas alusões a julgamentos de bruxos e o procedimento que deveria ser seguido, dando-lhe a reputação de um homem sanguinário, defendeu a autoridade do monarca até mesmo diante das imposições da Igreja Católica.