Aos 14 anos assumiu a governação manifestando grande fervor religioso e militar. Solicitado a cessar as ameaças às costas portuguesas e motivado a reviver as glórias da chamada Reconquista (século X - 1492), decidiu a montar um esforço militar em Marrocos, planeando uma cruzada após Mulei Mohammed ter solicitado a sua ajuda para recuperar o trono. A derrota portuguesa na batalha de Alcácer-Quibir em 1578 levou ao desaparecimento de D. Sebastião em combate e da nata da nobreza, iniciando a crise dinástica de 1580 que levou à perda da independência para a dinastia Filipina e ao nascimento do mito do Sebastianismo.