Após a morte de Cromwell em 1658, uma crise política resultou na restauração da monarquia, com Carlos sendo convidado a retornar para a Grã-Bretanha. Em 29 de maio de 1660, seu aniversário de trinta anos, ele foi recebido em Londres com grande aclamação pública. Depois disso, todos os documentos legais foram datados como se ele tivesse sucedido seu pai em 1649.

O parlamento inglês aprovou leis conhecidas como o Código Clarendon, criado para fortalecer a posição da reestabelecida Igreja Anglicana. Ele concordou com o código, mesmo sendo a favor de uma política de tolerância religiosa. A principal questão estrangeira do início de seu reinado foi a Segunda Guerra Anglo-Holandesa. Em 1670, assinou o Tratado Secreto de Dover, uma aliança com o seu primo Luís XIV de França. O rei francês concordava em auxiliar o inglês na Terceira Guerra Anglo-Holandesa e pagar uma pensão a Carlos, em troca Carlos prometia se converter ao catolicismo em uma data futura não especificada.