Atualmente, a doença constitui o maior problema fitopatológico do estado da Bahia e, talvez, do Brasil. A doença é originária da bacia amazônica e só foi detectada no sul da Bahia (Microrregião de Ilhéus-Itabuna) em 1989. De 1991 para 2000 o Brasil teve sua produção anual reduzida de 320,5 mil toneladas para 191,1 mil toneladas, caindo a sua participação no mercado internacional de 14,8% para 4%. Esse quadro, associado aos baixos preços do produto praticados no momento da introdução da doença, tem fragilizado consideravelmente a situação sócio-econômica e o equilíbrio ecológico das regiões produtoras do cacau no país, onde cerca de 2,5 milhões de pessoas dependem dessa atividade . Este problema atinge o Brasil como um todo ao afetar toda a cadeia produtiva de cacau. Devido à drástica redução na produção de cacau, o Brasil hoje deve importar este produto para assim suprir sua demanda interna, incrementando os custos de produção de chocolate e aumentando os riscos de ingresso de outras doenças.

Devido à grande importância econômica da vassoura-de-bruxa, numerosos esforços têm sido envidados na tentativa de estabelecer um plano de controle efetivo e economicamente viável para esta doença. Destas estratégias de controle, a considerada como mais promissora é o plantio de mudas resistentes à doença, prática que vem sendo largamente adotada no sul da Bahia. Porém, no Equador demonstrou-se que variedades resistentes podem tornar-se suscetíveis ao longo de várias gerações e um estudo recente demonstrou que a variabilidade genética de M. perniciosa na Bahia é muito baixa quando comparada àquela encontrada na região amazônica, mostrando apenas a existência de dois genótipos do patógeno na Bahia; estes resultados indicam que estes clones resistentes podem ser muito sensíveis a novas introduções do fungo provenientes da Amazônia. Além disso, o cacau apresenta problema de incompatibilidade sexual. Com a clonagem, tem sido uma observação recorrente no sul da Bahia a existência de plantas com forte floração, mas que não frutificam. Em conjunção com esse fato, muitos dos clones distribuídos não apresentam as qualidades agronômicas ideais para o plantio, tendo sido a sua seleção feita baseada apenas na resistência à doença.