Safranina tipicamente tem a estrutura química mostrada a direita (algumas vezes descrita como
dimetil safranina). Há também
trimetil safranina, a qual tem adicionada um
grupo metil na posição
orto- do anel inferior. Ambos os compostos comportam-se de essencialmente de maneira idêntica em aplicações em coloração biológica, e os principais fabricantes de safranina não distinguem entre os dois. Preparações comerciais de safranina contém uma mistura de ambos os tipos.