O nacionalismo alemão tem apresentado dificuldades na promoção de uma identidade alemã unida, bem como enfrentando oposição dentro da Alemanha. A divisão Católica-Protestante na Alemanha, às vezes criou extrema tensão e hostilidades entre católicos e protestantes alemães depois de 1871, como em resposta à política de Kulturkampf na Prússia pelo Chanceler alemão e Primeiro-ministro prussiano Otto von Bismarck, que tratou de desmontar a cultura católica na Prússia, o que provocou a indignação entre os católicos da Alemanha e resultou na ascensão do Partido do Centro pró-católico e o Partido Popular da Baviera. Tem havido nacionalistas rivais dentro da Alemanha, particularmente nacionalistas bávaros que afirmaram que os termos de entrada da Baviera na Alemanha em 1871 eram controversos e alegaram que o governo alemão durante muito tempo se intrometeu em assuntos internos da Baviera. Fora da Alemanha moderna, na Áustria, há nacionalistas austríacos que rejeitaram a unificação da Áustria com a Alemanha com base na preservação da identidade religiosa católica dos austríacos do potencial perigo representado por fazer parte de uma Alemanha com maioria protestante.