A verdadeira natureza desta simbiose é ainda tema de debate pelos cientistas, em que alguns casos afirmam que o fungo é um parasita do fotobionte porque através de seus haustórios que penetram a célula da alga controlam seu ciclo reprodutivo; no entanto, em muitos casos, a alga sozinha não sobrevive no habitat ocupado, assim como o fungo isolado também não sobrevive e, portanto alguns defendem uma relação mutualística.

O micobionte dos líquens pertence, na sua maioria, ao filo Ascomycota (98%), sendo os restantes parte de Basidiomycota(2%). Cada espécie de líquen tem uma espécie diferente de fungo e é com base nessa espécie que os líquens são classificados. A classificação baseia-se, em geral nas características do talo e órgãos reprodutivos. Estão descritas de 15.000 a 20.000 espécies de líquens, de acordo com diferentes sistemas de classificação. Cerca de 20% das espécies de fungos conhecidas pertencem a líquenes. Os fotobiontes são muito menos numerosos que os micobiontes e uma mesma espécie de alga pode fazer parte de vários líquens diferentes. Muitas espécies de algas, se não todas, podem existir isoladamente em alguns habitats, mas quando fazem parte de um líquen, apresentam uma distribuição muito maior. Liquens