Paralelamente, uma brutal
guerra civil travou-se entre os diversos grupos e facções, envolvendo praticamente toda a população do país. Combatentes estrangeiros também foram ao Iraque para lutar contra as tropas ocidentais. Durante o período de
ocupação, ocorreram numerosas violações dos
direitos Humanos, tanto por parte dos grupos da resistência como das
forças ocupantes.
Em 2003, no primeiro ano de ocupação do Iraque, a violência era esporádica. Mas, em
2004, a resistência à ocupação (agora protagonizada por
jihadistas ligados a facções
extremistas como a
al-Qaeda) se organizou e intensificou suas ações contra as tropas da
coalizão ocidental. Constituiu-se uma
guerrilha urbana, com maciços
atentados a bomba e extenso uso de
explosivos improvisados. Entre 2003 e
2007, pelo menos 600 mil iraquianos morreram, sendo a esmagadora maioria composta de civis. De 2003 e a
2014, cerca de 4.491 militares
americanos também perderam a vida, assim como outros 400 soldados da coalizão, dos quais 179 eram
britânicos. Em 2007, contudo, a violência começou a declinar, o que se atribuiu à maior presença de
tropas americanas e à reconciliação de grupos xiitas e sunitas moderados com o governo iraquiano.