Fluoresceína é um fluoróforo comumente usado em microscopia, em um tipo de corante laser como o meio de ganho, em medicina forense e sorologia para detectar manchas de sangue latentes, e como corante traçante. Tem uma absorção máxima em 494 nm e emissão máxima de 521  nm (em água). Os principais derivados são o isotiocianato de fluoresceina (FITC, de fluorescein isothiocyanate) e, em síntese de oligonucleotídeos, a 6-FAM fosforamidita (de fluorescein amidite).

Fluoresceína também tem um ponto isosbéstico (absorção igual para todos os valores de pH) em 460 nm. Também é conhecida como um aditivo de cor (D&C Amarelo no. 7). A forma de sal dissódico da fluoresceína é também conhecida como uranina ou D&C Amarelo no. 8.