A existência de formas de transição foi posta pela primeira vez por Charles Darwin no seu livro "A Origem das Espécies", publicado numa altura em que a paleontologia dava os seus primeiros passos enquanto ciência. A ausência de fósseis de transição conhecidos era um grande obstáculo à teoria da evolução, reconhecido pelo próprio Darwin. Dois anos mais tarde, porém, foram descobertos fósseis de Archaeopteryx, numa formação geológica alemã, que combinavam as penas e asas de aves com mandíbulas e cauda de réptil. Nas décadas seguintes, a existência de fósseis de transição foi confirmada por mais descobertas, em particular pelos estudos do paleontólogo Othniel Charles Marsh, que reconstruiu a evolução dos equídeos com base em várias formas transicionais.

No entanto, de acordo com Simon Conway-Morris (Universidade de Cambridge), o resultado líquido está muito longe de um tapete perfeito de forma que permitiria que um investigador lesse a Árvore da Vida, simplesmente por encontrar os intermediários - vivos e extintos - que, em princípio, conectam todas as espécies.