A doença de Crohn é provocada por uma combinação de fatores ambientais, imunitários e bacterianos em indivíduos geneticamente predispostos. O resultado é um distúrbio inflamatório crónico, no qual o sistema imunitário ataca o aparelho digestivo, provavelmente com o intuito de combater os antígenos microbianos. Embora a doença de Crohn esteja relacionada com o sistema imunitário, não aparenta ser uma doença autoimune (ou seja, não é o próprio corpo que ativa o sistema imunitário). Não é ainda claro qual é o problema preciso com o sistema imunitário, sendo possível que se trate de um estado de imunodeficiência. Cerca de metade do risco global está relacionado com fatores genéticos, nos quais estão envolvidos mais de 70 genes. Os fumadores têm um risco duas vezes superior de desenvolver a doença em relação a não-fumadores. A doença de Crohn tem muitas vezes início após uma gastroenterite. O diagnóstico é baseado numa série de observações, entre as quais biópsia e aparência da parede intestinal, imagiologia médica e descrição da doença. Entre outras condições que podem sintomas semelhantes estão a síndrome do intestino irritável e a doença de Behçet.

Não existem medicamentos ou cirurgias capazes de curar a doença de Crohn. As opções de tratamento ajudam a aliviar os sintomas, mantêm as remissões e previnem as recidivas. Em pessoas recém-diagnosticadas, é possível usar corticosteroides durante um curto período de tempo de modo a rapidamente melhorar a doença, em conjunto com metotrexato ou uma tiopurina para prevenir recorrências. Os fumadores devem cessar imediatamente o vício. Todos os anos, uma em cada cinco pessoas com doença de Crohn são admitidas em meio hospitalar e cerca de metade com a doença irá eventualmente necessitar de cirurgia num prazo de dez anos. Embora o recurso à cirurgia seja usado com a menor frequência possível, por vezes é necessário remover alguns abcessos, obstruções intestinais ou cancros. O rastreio de cancro intestinal através de colonoscopia é recomendado a cada cinco anos, com início oito anos após o início da doença.