Quando uma molécula absorve certas longitudes de onda de luz visível e transmite ou reflete outras, a molécula tem uma cor. Um cromóforo é uma região molecular onde a diferença de energia entre dois orbitais atômicos cai dentro do intervalo do espectro visível. A luz visível que incide no cromóforo pode também ser absorvida excitando um elétron a partir de seu estado de repouso.

Nas moléculas biológicas úteis para capturar ou detectar energia luminosa, o cromóforo é a semimolécula que causa uma alteração na conformação do conjunto ao receber luz.