Corpo basal é a terceira porção do flagelo que liga o flagelo à parede celular e à membrana plasmática. O corpo basal é composto de uma pequena haste central inserida em uma série de aneis. Uma função principal do corpo basal é servir como um molde para a iniciação da montagem axonemal e como um ponto de ancoragem para a ligação dos cílios com o citoesqueleto.