Sinapse cromossômica é o emparelhamento de pares de cromossomos homólogos possibilitada pela formação do complexo sinaptonêmico, uma elaborada estrutura constituída por diversas proteínas que formam um longo eixo central e duas barras laterais às quais se associam cromossomos homólogos. É altamente específico; colocando em contato cada ponto de um cromossomo com o seu correspondente. Pode ser comparado a um zíper devido ao formato da proteína. Essa ligação forma um par de cromossomos chamado "bivalente".