Em
Bioinformática, um
alinhamento de sequências é uma forma de organizar sequências primária de
DNA,
RNA ou
proteína para identificar regiões similares que possam ser consequência de relações funcionais, estruturais ou evolucionárias entre elas. Sequências alinhadas de
nucleotídeos ou resíduos de
aminoácidos são representadas tipicamente como linhas de uma matriz. Espaçamentos (
gaps) podem ser inseridos entre os resíduos para que caracteres semelhantes (por algum critério) sejam alinhados em colunas sucessivas.
Se duas sequências em um alinhamento compartilham de um ancestral comum, discordâncias (
mismatches) podem ser interpretados como mutações pontuais e os espaços (
gaps) como inserções ou deleções introduzidas em uma ou ambas as sequências desde quando estas divergiram no tempo.