Yonaguni (em japonês: 与那国島 (よなぐにじま/Yonaguni-jima)) é a ilha mais ocidental do Japão. Fica nas ilhas Ryukyu, a 125 km das costas de Taiwan, e tem uma área de 28,88 km² e população de 1684 (est. 2009) habitantes. Yonaguni é famosa por uma formação rochosa descoberta na década de 1980 por mergulhadores locais, submersa à costa sul da ilha. Apesar de ser considerada pela maioria dos estudiosos como uma formação natural, o professor de sismologia da Universidade de Ryukyu, Masaaki Kimura, defende a hipótese de que seriam ruínas com cerca de 2000 anos.