É considerada um dos principais centros de excelência no Brasil, ocupando o 9º lugar no ranking das melhores universidades do Brasil. A UFF figura entre as 15 melhores universidades da América Latina, segundo pesquisa recentemente publicada pelo "Webometrics Ranking of World Universities", o maior instituto público de pesquisas da Espanha, órgão ligado ao Ministério da Educação. De acordo com o Censo da Educação Superior 2009, realizado pelo Ministério da Educação, a UFF passou a ser, em número de matrículas presenciais de ensino de graduação, a décima sexta maior universidade, a sexta maior universidade pública e a terceira maior federal do país.