Existem outras funções do Token OTP, tais como Desafio/Resposta, onde o usuário lê um desafio numérico gerado num site ou aplicação, digita esse desafio no token e obtém uma resposta que deve ser digitada na página da Internet ou aplicação - essa função tem a finalidade de verificar a veracidade do site ou aplicação. Outra aplicação é a assinatura de transação, onde o usuário digita os dados da transação (ex. dados de uma conta corrente e valor de uma transação de transferência de valores entre contas), o token, com base nesses dados, gera uma senha que serve somente para essa transação - essa função tem a finalidade de proteção contra ataques do tipo [man-in-the-middle]. Já existem dispositivos onde essa função tem a entrada de dados com captura óptica.

Existem variações de Tokens OTP, chamadados de Tokens Híbridos, que suportam também a função PKI (Public Key Infrastructure) ou Tokens Criptográficos, que geram e armazenam as chaves privadas e os certificados digitais, e possuem suporte para vários algoritmos de criptografia como o RSA, DES e 3DES.