O jogo é localizado em um arquipélago num vasto mar chamado Great Sea. O jogador controla Link, o protagonista da série Zelda, que luta contra o antagonista Ganondorf pelo controle de uma relíquia sagrada conhecida como Triforce. Link passa grande parte do jogo navegando, viajando através das ilhas e percorrendo masmorras e templos para ganhar o poder necessário para enfrentar Ganondorf, e resgatar sua irmã menor sequestrada .

Wind Waker segue os passos de Ocarina of Time, mantendo a jogabilidade básica e o sistema de controle do título de Nintendo 64. Uma grande ênfase é colocada no uso e controle do vento através da batuta homonímia do jogo "Wind Waker", que ajuda a navegação e a flutuação através do ar. Os críticos apreciaram a similaridade com Ocarina of Time, mas frequentemente reclamaram sobre o tédio que a grande parte de tempo gasta navegando se torna Apesar disso, o jogo encontrou sucesso comercial e crítico.