Entre 383-386 foi ordenado sacerdote por seu professor e agora bispo Flaviano. Logo interessou-se pelas grandes discussões teológicas de seu tempo, escrevendo e pregando contra origenistas, arianos, eunomianos, apolinaristas, magos, Juliano, o Apóstata, etc. Cerca de 392 abandona Antioquia para ir viver junto com seu antigo professor Diodoro, agora bispo de Tarso; no mesmo ano foi nomeado bispo de Mopsuéstia. Em 394 participou do concílio de Constantinopla. Durante a confusão do concílio em relação a João Crisóstomo, Teodoro manteve-se fiel a ele. Cerca de 421 recebeu hospitaleiramente Juliano de Eclano e outros pelagistas, tendo ele sido influenciado por certas concepções dogmáticas deles. Contudo, posteriormente associou-se com a condenação do pelagianismo em um sínodo da Cilicia. Morreu em 428, ano em que Nestório tornou-se comandante da sé de Constantinopla.