Staphylococcus saprophyticus é uma bactéria cocoide (esférica), gram positiva, anaerobia facultativa, imóvel, não esporuladora, não encapsulada e de 0,5 a 1 mm de diâmetro. Possui atividade ureásica e carece de coagulasa, o que permite diferenciá-la do Staphylococcus aureus.