Em seu segundo mandato, Sadiq formou um governo de coalizão compreendendo o Partido Umma (que dirigia), a Frente Islâmica Nacional (liderada por seu irmão, Hassan al-Turabi), o Partido Unionista Democrático (liderado por al-Sayyid Muhammad Othman al-Mirghani), e outros pequenos partidos sulistas. A 30 de junho de 1989, no entanto, seu governo foi derrubado por um golpe de Estado liderado por Omar al-Bashir. O cargo de primeiro-ministro do Sudão foi então abolido.

Mahdi continuou a liderar o Partido Umma, em oposição a Bashir, desde que foi deposto. Passou para um período no exílio, mas acabou retornando ao Sudão em novembro de 2000. Concorreu sem sucesso às eleições presidenciais de 2010, comprometendo-se a não entregar Bashir para o Tribunal Penal Internacional para enfrentar acusações de crimes contra a humanidade e crimes de guerra, argumentando que iria desestabilizar o país.