O município foi palco de um dos eventos mais significativos de toda a história do Rio Grande do Norte, o Massacre de Uruaçu, ocorrido em 1645, quando os holandeses mataram oitenta pessoas. Ao longo de sua história, São Gonçalo do Amarante chegou a perder sua autonomia algumas vezes, até conseguir sua emancipação definitiva em 1958, quando se desmembrou de Macaíba. Nos dias atuais, o município conta com uma rica tradição cultural, possuindo vários lugares históricos e monumentos, como o Monumento aos Mártires, inaugurado no lugar do massacre de 1645 e um dos principais pontos de visitação religiosa do Rio Grande do Norte.

Com uma temperatura média anual de 25,6ºC, São Gonçalo do Amarante possuía, em 2009, 35 estabelecimentos de saúde. A taxa de urbanização é de 84,5% e seu Índice de Desenvolvimento Humano, cujo valor era de 0,661 em 2010, é o décimo sétimo melhor do estado. Sua principal fonte de renda é o setor terciário, tendo o comércio como importante atividade econômica. O município abriga o Aeroporto Internacional Governador Aluísio Alves, inaugurado em maio de 2014 e projetado para ser um dos maiores do mundo.