O custo deste programa está entre US$2 e US$3 bilhões de dólares. Estas missões são cruciais para permitir aos humanos atingirem a explorar alvos de alta prioridade. Estes objetivos finais podem ajudar a estabelecer os limites da habitabilidade planetária não apenas para nosso Sistema Solar mas também para sistemas solares em geral. Em particular, eles proporcionam uma oportunidade para identificar moléculas orgânicas pré-bióticas ou até mesmo a vida fora da Terra e dentro do Sistema Solar, se ela existir. Os objetivos das missões Flagship podem incluir missões complexas às nuvens e à superfície de Vênus, à baixa atmosfera e superfície de Titan, a superfície e o interior de Europa, a atmosfera profunda de Netuno e a superfície de sua lua, Triton, ou à superfície do núcleo um cometa na forma de amostras criogenicamente preservadas.