Ein phylogenetischer Baum ist ein Baum, der die evolutionären Beziehungen zwischen verschiedenen Arten oder anderen Einheiten, von denen man vermutet, dass sie einen gemeinsamen Vorfahren besitzen, darstellt. Damit ist ein phylogenetischer Baum eine Form des Kladogramms. In einem phylogenetischen Baum repräsentiert jeder Knoten mit Vorfahren den nächsten gemeinsamen Verwandten dieser Vorfahren. Die Kantenlänge entspricht meist der geschätzten Zeit, in der sich die Arten separiert haben, oder der Anzahl der Mutationen  während dieser Entwicklung. Jeder Knoten in einem phylogenetischen Baum wird als taxonomische Einheit bezeichnet, wobei man innere Knoten oft als hypothetische taxonomische Einheiten bezeichnet, wenn die entsprechenden Arten oder Einheiten nicht beobachtet werden können.