A atual (11.ª) encarnação do Panchen Lama é motivo de controvérsia: o governo da República Popular da China afirma que é Qoigyijabu, enquanto a Administração Central Tibetana/Governo tibetano no exílio defende que é Gedhun Choekyi Nyima; este último foi preso pelo governo chinês em 1995 e até 2008 ainda não foi visto em público.

O reconhecimento dos Panchen Lamas sempre foi um assunto que envolvia o Dalai Lama. O 10º Panchen Lama declarou que "segundo a tradição tibetana, a confirmação do Dalai ou Panchen deve ser mutualmente reconhecida" O envolvimento da China neste assunto é visto por alguns como uma manipulação política para ter controle sobre o reconhecimento do próximo Dalai Lama e fortalecer seu controle sobre o futuro do Tibete. O governo chinês por sua vez afirma que seu envolvimento não quebra a tradição em que o reconhecimento do Dalai Lama tradicionalmente recaia sob o imperador chinês.