A abordagem da equipe de produção para o personagem e a interpretação de Eccleston foram destacadas como sendo intencionalmente diferentes das suas antecessores, com Eccleston afirmando que seu personagem seria menos excêntrico. Para adaptar-se a um público do século 21, o Doutor ganhou uma nova companheira, Rose Tyler, que foi projetada para ser tão independente e corajosa como ele mesmo. Ele também viaja brevemente com Adam Mitchell, um jovem gênio e interesseiro, que funciona como uma contraste para os companheiros anteriores, e Jack Harkness, um agente do tempo do século 51. O Doutor, Rose e Jack formam uma equipe unida, mas são separados no final da temporada na qual cada personagem tem que tomar decisões difíceis e enfrentar sacrifícios.

Em 2006, os leitores da Doctor Who Magazine votaram o Doutor de Eccleston como o terceiro Doutor mais popular de toda a série. Tanto a imprensa como os críticos de ficção científica em geral creditam o personagem e Eccleston como essenciais para o restabelecimento da série após o seu hiato entre 1996 e 2005. A interação do personagem com seus arqui-inimigos, os Daleks, foi particularmente elogiada. Eccleston ganhou vários prêmios por sua única temporada, incluindo o National Television Award de melhor ator em 2005.