Metabolitos secundários são
compostos orgânicos que não estão directamente envolvidos nos processos de
crescimento, desenvolvimento e
reprodução dos
organismos. Ao contrário dos metabolitos primários, a ausência dos metabolitos secundários não resulta na morte imediata, outrossim, a longo prazo afecta a
sobrevivência,
fecundidade ou estética do organismo, podendo mesmo não ter qualquer impacto significativo. Os metabolitos secundários são frequentemente restritos a um grupo reduzido de espécies dum grupo
filogenético. Os metabolitos secundários têm frequentemente um papel importante nas
defesas vegetais contra a herbivoria e outras defesas inter-espécies.