Embora Flinders não tenha sido o primeiro a empregar a palavra Austrália para denominar a ilha-continente, foi um firme defensor do seu uso, e a sua obra Uma viagem à Terra Australis (1814) popularizou o topónimo Austrália, o qual acabaria por se impor como oficial em 1824. No entanto, Flinders nunca testemunharia este acontecimento, pois faleceu no dia seguinte ao da publicação do seu livro, aos 40 anos de idade.

Flinders tinha uma cópia da obra de Alexander Dalrymple, de 1771, intitulada An Historical Collection of Voyages and Discoveries in the South Pacific Ocean, e parece ter usado o nome Austrália a partir daqui, mas exclusivamente para a ilha-continente, não para toda a região do Pacífico Sul. Em 1804 escreveu a seu irmão: "Chamo a toda a ilha Austrália, ou Terra Australis" e mais tarde enviou uma carta a Sir Joseph Banks onde mencionava "o meu mapa geral da Austrália."