A série apresenta uma história
cyberpunk integrando referências a inúmeras idéias filosóficas e religiosas. Outras influências incluem
mitologia,
animes e filmes de ação de Hong Kong. Dois dos jogos de vídeo Matrix, tanto supervisionados pelos Irmãos Wachowski, são uma parte da cronologia oficial.
Enter the Matrix, focada principalmente em
Niobe e Ghost e também escrito pelos Irmãos Wachowski, conecta a história do filme de animação de curta Final Flight of the Osiris com os acontecimentos de Reloaded, enquanto
The Matrix Online é uma sequela direta de Revolutions.