Foi o goleiro titular da Seleção Brasileira na Copa do Mundo de 2002, quando a equipe conquistou seu quinto título mundial. Também com a camisa da agremiação nacional conquistou a Copa América de 1999 e a Copa das Confederações de 2005. Transcendendo sua forte identificação com o Palmeiras, conquistou a simpatia e a admiração de torcedores de times rivais no Brasil, por conta de seu elogiado caráter e também por ser considerado um dos grandes goleiros de todos os tempos no futebol brasileiro.

Marcos detém ainda o recorde de goleiro que mais defendeu cobranças de pênaltis na história da Copa Libertadores.