Antigamente, Kega Fusion usava o número de versão 0.1 com letras e sufixos betas, onde a últiva revisão foi 0.1e beta. A versão mudou-se desta para 3.0 beta, que não significava uma grande mudança ter sido feita. O desenvolvedor, Steve Snake falou que versões com números pequenos, fazem as pessoas não usarem o programa. Sub-versões 1.0 são conhecidas (as vezes incorretamente) como incompletas e instáveis. Steve decidiu que esse não era o caso, e pulou da versão 0.1 para 3.0. A lógica usada é que Kega Fusion é atualmente a terceira grande revisão da hierarquia Kega, na ordem: Kega, Kega Lazarus e Kega Fusion. A numeração beta foi tirada depois da versão 3.2, porque novamente, algumas pessoas não queriam usar um programa "incompleto".