Das Juneau County ist ein County im US-amerikanischen Bundesstaat Wisconsin. Im Jahr 2010 hatte das County 26.664 Einwohner und eine Bevölkerungsdichte von 13,4 Einwohnern pro Quadratkilometer. Der Verwaltungssitz (County Seat) ist Mauston, das nach M. M. Maughs benannt wurde, dem ersten Mühlenbesitzer hier.