O seu trabalho é reconhecido pela revista americana Rolling Stone, que lhe concedeu o 18º lugar dos melhores guitarristas da historia em 2003 e 72º em 2011, o 43º Melhor Guitarrista de Todos os Tempos segundo o site da fabricante de guitarras Gibson e também foi reconhecido como "O Melhor Guitarrista dos Últimos 30 Anos" (1980-2010) numa votação dos ouvintes, no site, da rádio britânica BBC. John Frusciante também mantem uma carreira solo, tendo lançado quinze álbuns sob o seu próprio nome. Além disso realizou duas colaborações com Josh Klinghoffer e Joe Lally, sob o nome de Ataxia. Os seus álbuns solo incorporam uma variedade de elementos desde o rock experimental, música ambiente até ao New Wave e música eletrônica. Retirando influência de guitarristas de vários gêneros, Frusciante enfatiza a melodia e a emoção quando toca guitarra favorecendo guitarras antigas e técnicas analógicas de gravação. Ele improvisava notas em seus shows pelo Red Hot Chili Peppers, dando tons diferentes aos solos. Em 14 de abril de 2012 foi ao Rock and Roll Hall of Fame como membro do Red Hot Chili Peppers.