As igrejas ortodoxas e católicas orientais veneram-no como santo e como um dos Três Grandes Hierarcas, juntamente com Basílio, o Grande e Gregório Nazianzeno. A Igreja Católica também o proclamou Doutor da Igreja. As igrejas de tradição ocidental, incluindo a católica, algumas províncias da Comunhão Anglicana e partes da Igreja Luterana comemoram sua festa em 13 de setembro. As restantes igrejas luteranas e províncias anglicanas o fazem na data tradicional no oriente ortodoxo, 27 de janeiro. A Igreja Ortodoxa Copta de Alexandria também reconhece Crisóstomo como santo.

Entre suas homilias, oito dirigidas aos cristãos judaizantes ainda geram controvérsia por causa do impacto que provocaram no desenvolvimento do antissemitismo cristão.