Em 1389, Isabel foi homenageada com uma cerimônia luxuosa de entrada e coroação em Paris. Carlos sofreu o primeiro ataque de sua vida, uma doença mental progressiva em 1392, e foi forçado a retirar-se temporariamente do governo. Estes acontecimentos ocorreram com uma frequência cada vez maior, deixando uma corte dividida por facções políticas e mergulhada em extravagâncias sociais. Uma mascarada em 1393 para uma de suas damas de companhia — um evento posteriormente conhecido como Baile dos Ardentes — terminou em desastre com o rei quase queimado até a morte. Embora o monarca exigiu a retirada de Isabel da sua presença durante seus ataques de doença, sempre lhe permitiu autoridade para agir em seu nome, e concedeu-lhe o papel de regente para o Delfim de França (seu herdeiro), dando-lhe um lugar no conselho de regência, muito mais poder do que era habitual para uma rainha medieval.

A enfermidade de Carlos criou um vazio no poder que levou à guerra civil dos Armagnacs e Borguinhões entre os partidários de seu irmão, Luís de Orleães, e os duques reais de Borgonha. Isabel trocou alianças entre as facções, a escolha de rumos que acreditava mais favoráveis para o herdeiro do trono. Quando optou por seguir os Armagnacs, os Borguinhões acusaram-na de adultério com Luís de Orleães; quando tomou o partido dos Borguinhões, os Armagnacs tiraram-na de Paris e prenderam-na. Em 1407 João sem Medo assassinou o duque de Orleães, provocando hostilidades entre as facções. A guerra terminou logo após o filho mais velho da rainha, Carlos, assassinar João sem Medo em 1419 — um ato que o levou a ser deserdado. Isabel esteve presente na assinatura do Tratado de Troyes, em 1421, no qual foi acordado que o rei inglês herdaria a coroa francesa após a morte de seu marido, Carlos VI. Ela viveu na Paris ocupada pelos ingleses até sua morte em 1435.