As nascentes do Ipiranga encontram-se no Jardim Botânico de São Paulo, localizado no Parque Estadual Fontes do Ipiranga, reserva natural de mata atlântica encravada em plena zona sul da cidade. No entanto, como todos os demais rios metropolitanos, atualmente, o córrego sofre com a poluição, por receber altas quantidades de dejetos industriais e domésticos ao longo de seu trajeto de cerca de 9 km até desaguar na margem esquerda do Rio Tamanduateí.