O presidente dos Estados Unidos George W. Bush exigiu que o Taliban entregasse Osama bin Laden e expulsasse a al-Qaeda, bin Laden já estava sendo procurado pela ONU desde 1999. O Taliban se recusou a extraditá-lo, a menos que lhes fossem dado o que eles consideravam provas convincentes do seu envolvimento nos ataques de 11 de setembro e ignoraram demandas para fechar bases terroristas e entregar outros suspeitos de terrorismo além de bin Laden. O pedido foi indeferido pelos Estados Unidos como uma manobra dilatória sem sentido e lançaram a Operação Enduring Freedom em 7 de outubro de 2001 com o Reino Unido. Os dois se juntaram posteriormente a outras forças, incluindo a Aliança do Norte. Os Estados Unidos e seus aliados expulsaram o Taliban do poder e construíram bases militares perto de grandes cidades em todo o país. A maioria dos membros da al-Qaeda e do Taliban não foram capturados, fugindo para o vizinho Paquistão ou se retirando para regiões montanhosas rurais ou remotas.

Em dezembro de 2001, o Conselho de Segurança das Nações Unidas criou a Força Internacional de Assistência à Segurança (ISAF), para supervisionar as operações militares no país e treinar a Força de Segurança Nacional Afegã. Na Conferência de Bonn, em dezembro de 2001, Hamid Karzai foi escolhido para chefiar a Autoridade Interina Afegã, que depois de uma loya jirga de 2002 em Cabul tornou-se a Administração Transitória do Afeganistão. Nas eleições populares de 2004, Karzai foi eleito presidente do país, agora nomeado República Islâmica do Afeganistão.