Possui uma coleção permanente de objetos histórico-artísticos de diversas procedências, abrangendo o período que vai da Baixa Idade Média ao século XXI, com forte ênfase na documentação histórica e iconográfica relacionada ao período colonial e ao Brasil Holandês, incluindo a maior coleção do mundo de pinturas de Frans Post, com vinte obras.

O instituto também abriga um dos maiores acervos de armas brancas do mundo, com mais de peças, a maior parte proveniente da Europa e da Ásia, produzidas entre os séculos XIV e XXI. A biblioteca do instituto possui mais de 60 mil volumes, datados do século XVI em diante, destacando-se as coleções de brasiliana e obras raras.