Parte da ilha é ocupada pela Terra Indígena Parque do Araguaia, a qual abrange toda a porção sul e boa parte da porção oeste de Bananal até a latitude da cidade de Santa Terezinha (MT); pelo Parque Nacional do Araguaia, que abrange as porções norte e nordeste da ilha; pela Terra Indígena Inãwébohona, que se sobrepõe ao Parque Nacional do Araguaia, estando localizada na porção nordeste da ilha; e pela Terra Indígena Utaria Wyhyna/Iròdu Iràna, que também se sobrepõe ao Parque Nacional do Araguaia e está localizada na porção norte da ilha. Deste modo, toda a Ilha do Bananal é considerada pela constituição federal como terra da união, sendo o maior complexo de reservas existente no estado do Tocantins. Os povos indígenas que vivem na Ilha do Bananal, são: os Carajás, os Javaés, os Tapirapés, os Tuxás e os Avá-Canoeiros (mais conhecidos na região pelo apelido de Cara-Preta).

As estradas que dão acesso ao interior da Ilha do Bananal são a rodovia BR-242 (mais conhecida neste trecho como Transbananal), a Transaraguaia (extensão não-oficial da TO-255), além de uma estrada sem nome que liga a Aldeia Santa Isabel do Morro ao extremo sul da ilha, margeando o rio Araguaia e o rio Caracol.