A primeira congregação foi oficialmente fundada em 1 de julho de 1900, após a vinda do pastor Christian J. Broders, missionário da Igreja Luterana do Sínodo de Missouri, que havia sido enviado para o Brasil após uma decisão do Conselho Geral sobre uma dispersão pela América do Sul. Assim sendo, a primeira congregação da IELB foi estabilizada no município de Morro Redondo, no estado do Rio Grande do Sul, e chamou-se "Congregação Evangélica Luterana São João". A denominação "Igreja Evangélica Luterana do Brasil" foi criada em 24 de junho de 1904, após uma reunião em São Pedro do Sul, no momento em que a Igreja contava com cerca de três mil membros.

Um estudo divulgado em dezembro de 2010 representou que aproximadamente metade dos membros residem no Rio Grande do Sul, seguido pelos estados de Paraná e Santa Catarina, que juntos demonstram 74,5% do número total de membros. Apesar do seu número de filiados estar em constante crescimento ao longo dos anos, a IELB representa cerca de 20% dos brasileiros luteranos, sendo que quase toda a porção restante está localizada na Igreja Evangélica de Confissão Luterana no Brasil (IECLB).