A Igreja Católica Caldeia foi fundada por vários grupos de ex-
nestorianos que quiseram a comunhão com a
Santa Sé. Por isso, estes cristãos separaram-se da
Igreja Assíria do Oriente (ou "Igreja Nestoriana") e, logo, pode-se dizer que a Igreja Caldeia é descendente da Igreja Nestoriana . Mas, a data exacta da sua comunhão com a
Santa Sé é muito controversa, existindo várias datas para este acontecimento. Uns apontam para
1551/
1552 , quando um alto
prelado da
Igreja Assíria do Oriente, juntamente com os seus apoiantes, reconciliou-se com a
Santa Sé. Este prelado, chamado Yohannan Sulaqa, foi até consagrado e reconhecido pelo
Papa Júlio III. Porém, após a morte de Sulaqa, a relação entre estes católicos caldeus e a Santa Sé tornou-se muito turbulenta, esporádica e fraca. Para além de Sulaqa, ao longo dos tempos, existiram também vários prelados e comunidades nestorianas, como a de
Diyarbakir, que reconciliaram-se com o
Papa. Mas, só em
1830 é que a hierarquia católica caldeia foi definitivamente estabelecida e clarificada, com a nomeação definitiva de Yohannan Hormizd como o único
Patriarca Caldeu da Babilónia . Este acontecimento marca a formação da moderna Igreja Católica Caldeia, no sentido de uma instituição com uma estrutura hierárquica e organizacional bem definida. Em
1846, a Igreja Caldeia foi finalmente reconhecida pelo
Império Otomano, que deu-lhe o estatuto de
millet (comunidade etno-religiosa distinta dentro do Império), permitindo assim a
emancipação civil dos católicos caldeus no Império Otomano.