Tem, no entanto, alguns inconvenientes:

• O número de mensagens possível de se armazenar depende do espaço limite que nos é atribuído para a caixa de correio;
• Caso o servidor IMAP esteja numa localização remota, pela Internet, e não numa rede local LAN, é necessário estar ligado à Internet todo o tempo que quisermos consultar ou enviar mensagens, podendo não ser adequado a quem utiliza a Internet através de ligação telefônica dial-up, devido aos custos associados. No entanto, a maioria dos clientes de e-mail (e.g. Outlook Express, Thunderbird, Novell Evolution etc.) oferecem a possibilidade de criar uma cópia local (offline) das mensagens contidas em uma ou várias pastas (e.g. Inbox (Recebidas), Sent (Enviadas), etc.). Sendo assim, toda vez que você dispuser de uma conexão (estiver online) sua cópia local será sincronizada com o servidor de e-mail.

Existem também algumas outras vantagens, como por exemplo: Ativar e desativar "flags" (marcações que indicam características de uma mensagem), que podem, inclusive, ser definidas pelo usuário. Com o POP3, estas marcações são registradas pelo cliente, de forma que, se a mensagem for aberta por um segundo cliente, as mesmas podem não ter seu "status" indicado corretamente. O IMAP permite a gravação das "flags" junto às caixas-postais, assegurando que, independente de qual cliente se acesse, as mensagens terão as mesmas corretamente atribuídas. Capacidade de reconhecer os padrões de mensagens eletrônicas [RFC 822] e MIME-IMB [RFC 2045] em mensagens eletrônicas, de modo que os clientes de e-mail não o necessitem fazer. O servidor IMAP cumpre a tarefa de interpretar estes padrões, tornando os clientes mais fáceis de implementar e o acesso mais "universal"; Pesquisa de texto em mensagens de forma remota. Este modo de trabalho é feito localmente às caixas-postais; A seleção para recebimento dos atributos de uma mensagem, ou seu texto ou anexos e outras partes ("attachments") podem ser feitos de forma independente. Então, o usuário pode pedir para receber de uma mensagem com um grande "attachment", apenas a parte do texto que lhe interessa, o que é vantajoso no caso de um acesso discado de baixa qualidade e a redução do tráfego em geral.