Hyphen (aus ‚Gewebe‘) sind die fadenförmigen Zellen der Pilze und Streptomyzeten. Aus ihnen besteht bei Hyphenpilzen der gesamte Pilz: das Myzel, die Fruchtkörper sowie der Pilzanteil der Mykorrhizen der Baumpilze. Einige normalerweise einzellige Hefepilze wie z. B. Saccharomyces cerevisiae können unter bestimmten Bedingungen auch Hyphen ausbilden. Die Hyphen sind durch Trennwände, die die Hyphen quer durchziehen, in Abschnitte geteilt. Diese Wände werden als Septen bezeichnet.