A fundação da localidade só foi realizada em 1796, por José Pedro Cordovil, que veio com seus escravos e agregados para se dedicar à pesca do pirarucu e à agricultura, chamando-a Tupinambarana. A rainha D. Maria I deu-lhe a ilha de presente. Ali instalado, fundou uma fazenda de cacau, dedicando-se à cultura desse produto em grande escala. Ao sair dali, algum tempo depois, ofertou a ilha à rainha. Tupinambarana foi aceita e elevada à missão religiosa, em 1803, pelo capitão–mor do Pará, o Conde dos Arcos, que incumbiu sua direção ao frei José das Chagas, recebendo a denominação de Vila Nova da Rainha.

A eficiente atuação de frei José provocou um surto de progresso e desenvolvimento na localidade, mediante a organização da comarca do Alto Amazonas. Em 25 de julho de 1833, passa à freguesia, com o nome de Freguesia de Nossa Senhora do Carmo de Tupinambarana. Era ainda Tupinambarana simples freguesia quando iniciou a revolução dos Cabanos no Pará, e se alastrou por toda a província. O seu vigário, padre Torquato Antônio de Souza, teve atuação destacada durante a sedição, servindo de delegado dos legalistas no Baixo Amazonas. Tupinambarana, talvez porque estivesse bem defendida, foi poupada aos ataques dos Cabanos.