O imperador Frederico II tinha conseguido que o papa Inocêncio III abençoasse Henrique com a coroa da Sicília, uma vez que havia um acordo segundo o qual os reinos da Sicília e da Germânia não deviam estar sob o mesmo monarca. No entanto, em 1220, através duma lei denominada Confoederatio cum principibus ecclesiasticis (Tratado com os príncipes da igreja), Frederico convenceu os príncipes germânicos a elegerem Henrique seu rei, uma vez que ele estava mais interessado na Itália; a partir dessa altura, Henrique deixou de usar o título de rei da Sicília.

O jovem Henrique ficou sob a tutela de Enguelberto I, Arcebispo de Colónia, que o coroou em Aachen, a 8 de Maio de 1222. Depois da morte deste, em 1225, Henrique ficou ao cuidado de Luís I da Baviera mas, em 1228, suspeitou que este estivesse a conspirar com o papa contra seu pai, forçou Luís a submeter-se e virou-se então contra o bispo de Strasbourg. Os príncipes não apoiaram estas políticas a favor das cidades-estado e forçaram-no a emitir um Statutum in favorem principum (Estatuto a favor dos príncipes), em Worms, no dia 1 de Maio de 1231; estes acontecimentos enfureceram o imperador, que precisava do apoio dos príncipes germânicos para prosseguir o domínio da Itália.