Henrique passou a governar a Inglaterra pessoalmente em vez de utilizar ministros. Viajou menos que monarcas anteriores, investindo pesadamente em alguns palácios e castelos favoritos. Casou-se com Leonor da Provença e teve cinco filhos. Henrique era conhecido por sua piedade, por realizar grandes cerimônias religiosas e por generosas doações à caridade; o rei era particularmente devoto à figura de Eduardo, o Confessor, adotando-o como padroeiro. Ele tirou grandes quantias de dinheiro dos judeus na Inglaterra, prejudicando sua capacidade de conduzir negócios, e enquanto suas ações pioravam ele apresentou o Estatuto dos Judeus, tentando segregar a comunidade. O rei invadiu o Condado de Poitou em 1242 em uma tentativa para reconquistar suas terras familiares na França, levando a desastrosa Batalha de Taillebourg. Depois disso Henrique passou a contar com a diplomacia, cultivando uma aliança com Frederico II, Sacro Imperador Romano-Germânico. Apoiou o irmão Ricardo da Cornualha em sua candidatura a Rei dos Romanos em 1256, porém não conseguiu colocar o filho Edmundo no trono da Sicília apesar dos gastos. Henrique planejava partir em cruzada até Levante, porém foi impedido por rebeliões na Gasconha.

O governo de Henrique estava cada vez mais impopular em 1258, resultado do fracasso de dispendiosas políticas externas, da notoriedade de seus meio-irmãos poitevinos, os lusignanos, e por causa do papel de seus oficiais locais ao coletar impostos e débitos. Uma coalizão de barões, inicialmente e provavelmente apoiada por Leonor, tomou o poder em um golpe de estado que expulsou os poitevinos da Inglaterra, reformando o governo real através de um processo chamado de Provisões de Oxford. Henrique e o governo de barões promulgou uma paz com a França em 1259, em que Henrique entregava seus direitos de terras na França em troca de ser reconhecido como o legítimo herdeiro da Gasconha pelo rei Luís IX de França. O regime baronial caiu, porém o rei não conseguiu reformar um governo estável e a instabilidade continuou na Inglaterra.