Pouco tempo depois ele iniciou uma guerra com o irmão solicitando a ajuda de Grimualdo, filho de Gisulfo, duque de Friuli e Benevento desde 647. Este destronou Bertário e, aproveitando a fragilidade militar de Godeberto, assassinou-o nas dependências do Palácio em 662. Seu filho Reginberto, conseguiu escapar e mais tarde reclamou a coroa mas, antes disso, Grimualdo tomou o trono e tornou-se rei dos lombardos.